Unter dem Titel des ursprünglichen Förderantrags „Crossing Boundaries toward an Integrated Research Environment“ bündelte die BUA in der ersten Förderphase die komplementären Stärken ihrer Verbundpartnerinnen und verfolgte fünf strategische Ziele. Das Forschungsprofil des Verbunds wurde dabei durch interdisziplinäre „Grand Challenge Initiatives“ sowie sieben Exzellenzcluster geprägt.

In der ab 2026 laufenden zweiten Förderphase verfügt die BUA über fünf Exzellenzcluster und baut auf den bestehenden Grundlagen auf, indem sechs Handlungsfelder und erweiterte Querschnittsthemen den neuen strategischen Rahmen bilden. Ein zentrales Ziel ist dabei die Konsolidierung des Wissenschafts- und Innovationsraums Berlin: Gemeinsam mit den außeruniversitären Forschungseinrichtungen der Berlin Research 50 (BR50) wurden zwölf Forschungsschwerpunkte zu fünf gemeinsamen „Profillinien“ verdichtet, die eine berlinweite Forschungsagenda strukturieren sollen. Mit strategischen Partnerschaften, darunter die Oxford Berlin Research Partnership, stärkt die BUA zugleich ihre internationale Verankerung, um Berlins Position als führenden europäischen Forschungsraum weiter auszubauen.