Mit dem Antrag „LMUexcellent: A New Perspective“ konnte die LMU München an ihre Erfolge in der Exzellenzinitiative anschließen. Die Strategie der Universität ist auf die fünf Bereiche People, Campus, Investments, Partners und Governance ausgerichtet.

Die TU München (TUM) wurde bereits seit 2006 in der Exzellenzinitiative gefördert und war auch in der Exzellenzstrategie mit ihrem Antrag „TUM. THE ENTREPRENEURIAL UNIVERSITY. Innovation by Talents, Excellence, and Responsibility” erfolgreich. Ein wesentlicher Kernpunkt ihrer Gesamtstrategie ist eine Strukturreform, welche die traditionellen Fakultäten nach und nach durch sogenannte Schools ersetzt. So soll unter anderem interdisziplinäre Forschung gestärkt werden.